Unit Pengumpul Zakat (UPZ) UNS pada awalnya bernama Lembaga Amil Zakat Infak dan Sekedah (LAZIS UNS) yang mulai didirikan atas inisiasi mahasiswa-mahasiswa dari organisasi kemahasiswaan Islam UNS pada tahun 2004, dan didukung oleh Panitia Hari Besar Islam (PHBI) UNS, takmir masjid Nurul Huda UNS. Muculnya Lazis UNS dimuali dengan momentum Pencanangan Gerakan Sadar Zakat oleh Rektor UNS pada 6 Desember 2003. Lalu secara kelembagaan, dibentuk formatur pada 18 September 2004.
Keberadaan UPZ UNS yang pada saat awal berdirinya bernama LAZIS UNS sejak tahun 2004 sampai dengan 2013 belum mendapat kejelasan Surat Keputusan Pengelolaan. Di tahun 2013 kelembagaan Lazis UNS menginduk ke Takmir Masjid Nurul Huda UNS. Aspek legalitas Lazis UNS menjadi kendala dan keterbatasan tidak hanya dalam pengelolaan keuangan namun juga ketika akan melakukan kesepakatan kerjasama dengan lembaga lain.
Lazis UNS jika dilihat dari namanya merupakan salah satu jenis Organisasi Pengelola Zakat (OPZ) yang didirikan oleh masyarakat, namun demikian lembaga perguruan tinggi yang melekat selama ini menjadikan lazis sebagai OPZ yang kabur secara legalitas maupun pertanggungjawabannya. Undang-undang No 23 tahun 2011 tentang Pengelolaan Zakat mengatur tentang kewenangan dari BAZNAS untuk membentuk Unit Pengumpul Zakat (UPZ) di suatu lembaga/instansi termasuk di perguruan tinggi. UPZ yang dimiliki oleh perguruan tinggi secara hierarki kelembagaan.
Pada 19 Mei 2021, akhirnya UPZ UNS mendapatkan SK BAZNAS Provinsi Jawa Tengah tentang pembentukan UPZ UNS pertama. Yaitu SK No.56/BAZNAS-Prov/SK/V/2021 yang berlaku sejak 2021. Sejak SK tersebut dikeluarkan, LAZIS UNS berubah status dan nama menjadi UPZ UNS